En 2004, le gouvernement nigérian a lancé le second Projet national de développement des Fadamas, dont l’objectif était d’augmenter les revenus des agriculteurs, des pêcheurs et des autres populations pauvres vivant dans ces zones. Le projet Fadama II, soutenu par l'IDA (Association internationale de développement), visait à accroître l'autonomie des communautés locales et à améliorer les capacités du gouvernement à porter assistance en particulier aux groupes pauvres et vulnérables, tels que les femmes, les jeunes sans emplois, les veuves et les personnes malades du VIH/SIDA. La stratégie a représenté un changement important, en privilégiant non plus la prédominance du secteur public mais une approche de développement pilotée par la communauté et axée sur des priorités définies préalablement par celle-ci. . La composante participative du projet reposait sur les groupes d’utilisateurs des Fadamas ayant des intérêts économiques communs, tels que les agriculteurs, les pêcheurs, les éleveurs (les personnes qui élèvent du bétail), les femmes, les personnes handicapées et les étudiants. Le projet a encouragé ces groupes à élaborer des plans de développement local, puis chacun d'entre eux a recherché des fonds pour financer l’achat de « matériel communautaire », tel que filets de pêche, engrais, pompes à eau ou générateurs. Dès que le Comité local de développement des Fadamas avait approuvé un plan de développement, la communauté lançait un appel d’offres pour le contrat et l'adjudicataire était directement payé via le compte du projet. Le projet Fadama II a également apporté son soutien à des activités non-agricoles telles que l’agro-industrie, la formation commerciale et la commercialisation en zone rurale. Par ailleurs, il a permis la mise en place de services de vulgarisation agricole axés sur les besoins, le développement d’infrastructures rurales telles que les routes et aidé les populations à résoudre les conflits portant sur les ressources naturelles.

Le coût total du projet Fadama II s’est élevé à 125,4 millions de dollars, dont une contribution de 100 millions de dollars de l'IDA soutenant les opérations menées par le projet dans 12 États. Grâce au soutien de l’IDA, le Nigeria a pu mettre en œuvre sa stratégie nationale de grande ampleur visant à augmenter la productivité et les revenus agricoles, en se concentrant sur l’infrastructure et les finances rurales, la recherche agricole et les services de conseil. Le pays a également amélioré les mécanismes permettant la résolution des conflits. De plus, l’IDA a contribué au développement agricole du Nigeria, par le biais d’un programme actif comprenant un travail analytique, une assistance technique et des prêts à l’investissement. Le travail analytique réalisé en collaboration avec le gouvernement du Nigeria comprend : Getting Agriculture Growing in Nigeria (stratégie de secteur, 2006); Nigeria Agriculture Public Expenditure Review; et Nigeria Rural Finance. Assessment of Current Programs and Options. En 2006, lorsque la grippe aviaire a fait son apparition au Nigeria, le crédit alloué au projet Fadama a été redistribué afin d'aider le pays à faire face au virus. Le gouvernement s'est appuyé sur cette aide pour demander un crédit de 50 millions de dollars destiné à atténuer la menace que faisait peser le virus de la grippe aviaire sur la population et l’industrie avicole. Actuellement, l’IDA fournit une assistance technique au gouvernement afin de mettre en place une stratégie nationale de développement agricole. Suite aux différents travaux analytiques qui ont été menés, l’IDA a été invitée à apporter son soutien à l’équipe gouvernementale chargée de l’agriculture et dont la mission est d’élaborer le Projet 2020 pour le Nigeria.

Suite au succès de Fadama II, le gouvernement s’est fortement engagé dans une approche de développement pilotée par la communauté et a sollicité la mise en œuvre d’un projet Fadama III, qui couvrirait la totalité du territoire national. Le nouveau projet a été lancé en août 2009 dans l’État de Zamfara (Nigéria du Nord). Comme le projet précédent, il s’appuie sur des investissements dépendants de la demande et sur l’autonomisation des communautés locales, dans le but d’améliorer la productivité et la qualité des ressources en eau et des terres. Le projet a été mis en œuvre dans 36 États du Nigeria et sur le territoire de la capitale fédérale, avec une aide de l’IDA de 250 millions de dollars.