En el decenio de los noventa, el gobierno de Mozambique llevó a cabo un importante programa de reformas macroeconómicas y normativas. La mayoría de las distorsiones más importantes inducidas por políticas agrícolas se había desmantelado y el entorno era propicio para el crecimiento, pero el Ministerio de Agricultura carecía de fuerza y las actividades de apoyo al sector dependían excesivamente de recursos fragmentados aportados por los donantes.

El Ministerio de Agricultura se fortaleció y cambió su enfoque desde intervenciones directas hacia fiscalización y facilitación, y desde un estilo de operación verticalista a un estilo descentralizado y focalizado en el cliente.

Aspectos destacados:
- Extensión de los servicios agrícolas: el proyecto logró aumentar la cantidad de productores y asociaciones de productores que recibían asistencia gracias a la extensión de los servicios del ministerio. Durante la primera fase del programa (1999-2006), se brindó asistencia a un total de 191.630 productores y 1.766 asociaciones de productores.
- La cooperación entre los servicios de extensión y las ONG permitió adoptar diversas variedades de clones y cultivos de ciclos breves y tolerantes a pestes.
- El proyecto promovió reglamentos en torno a la tenencia de la tierra. Como resultado, en el año 2000 se aprobó un Anexo técnico a la Ley de Tierras que servía de pauta para la demarcación y el registro de propiedades rurales. Con el fin de implementar estas leyes y reglamentos, se reestructuraron, descentralizaron y fortalecieron las instituciones de administración de tierras y se puso en marcha, además, un sistema de catastro computarizado.
- El proceso de asignación y registro de propiedades se simplificó: entre 2001 y 2002, la cantidad de etapas se redujo de 64 a 7 y el plazo de tramitación disminuyó de dos años a 90 días en al menos 90% de las transacciones.
- Se reestructuró la investigación agrícola mediante la creación de un Instituto Nacional de Investigación Agrícola formado por cuatro centros de investigación zonal.
- En el ámbito de los sistemas de gestión interna, se instauró un moderno sistema de gestión financiera y ahora los procedimientos y las prácticas de contabilidad cumplen con las normas internacionales aceptadas y están sujetos a auditorías anuales. Se introdujo además un sistema descentralizado para la gestión de las adquisiciones.
- Se reestructuró el ministerio, mejoraron las calificaciones generales del personal y se implementaron las etapas iniciales para introducir un sistema de gestión de recursos humanos. El proceso de planificación y presupuestación del MAP también sufrió mejoras considerables puesto que ahora es una actividad descentralizada, sistemática y oportuna, que cuenta con la participación de organismos a nivel de distritos y a nivel central. Se ha instaurado la práctica de planificación y presupuestación trimestral para facilitar el ajuste de los planes anuales. La experiencia de transformación del Ministerio con el PROAGRI lo ha convertido en un modelo para la reforma del sector público, con un efecto notable en otros ministerios y departamentos de gobierno. Su sistema de planificación y presupuestación es un modelo a imitar para el Ministerio de Finanzas, entre otros.

- Entre los otros cofinanciadores/ contribuyentes se cuentan: la Unión Europea, el Fondo Internacional de Desarrollo Agrícola (FIDA), la Organización para la Agricultura y la Alimentación (FAO), el Programa de las Naciones Unidas para el Desarrollo (PNUD) y los gobiernos de Estados Unidos, Canadá, Finlandia, Italia, Dinamarca, Suecia, Irlanda, los Países Bajos, el Reino Unido, Australia y Austria.
- En 2001, un memorando de entendimiento entre el gobierno y donantes clave estableció el marco operacional y legal que permitió canalizar los fondos de la AIF y de otros donantes a través de un mecanismo de flujo común de fondos. Este proceso marcó un hito importante en la coordinación de los donantes en torno al uso de los procedimientos gubernamentales y ayudó a simplificar la implementación y la supervisión del programa.